Sbucciate le cipolle, lavatele, tritatele e cuocetele in un tegame con 2 cucchiai d’olio, a fuoco lento, per 1 ora.
Dopo 30 minuti unite le acciughe, le olive, i capperi e i pomodori, tagliati a dadini, e continuate la cottura. Regolate di sale.
Nel frattempo diluite il lievito con il latte e 0,5 dl d’acqua, poi impastatelo con la farina, formate una palla e lasciate riposare per circa 1 ora, coperto, in un luogo tiepido.
Dividete l’impasto in due parti, di dimensione leggermente diversa. Stendete la più grande e foderatevi una teglia unta, poi distribuitevi metà del composto di cipolle, la mozzarella a fettine e infine le cipolle rimaste.
Coprite con la pasta avanzata, saldando bene i bordi, e punzecchiate la superficie con una forchetta. Cuocete la focaccia nel forno già caldo a 190 °C per 40 minuti e servite.